Sådan dokumenterer du din R-analyse problemfrit med R Markdown

Sadan Dokumenterer Du Din R Analyse Problemfrit Med R Markdown



Med det alsidige R Markdown-format kan du nemt inkludere teksten, den eksekverbare R-kode og dens resultater i en enkelt fil. Flere statiske og dynamiske outputformater såsom PDF (.pdf), Word (.docx) og HTML (.html) kan nemt transformeres fra disse filer. En velskrevet R Markdown-fil har fordelen ved at være reproducerbar. Dette indebærer også, at du kan genopbygge papiret uden at ændre den rigtige fil, hvis du finder et datatransskriberingsproblem eller har mulighed for at tilføje nye oplysninger til forskningen. Da RStudio allerede har den indbyggede R markdown-pakke, kræves der ingen forhåndstrin til installationen.

Test kode

Før du starter med R Markdown, skal du sikre dig, at du har R monteret i dit system. Samtidig skulle RStudio blive lanceret i øjeblikket. Først opretter vi et script til datasættet, som vi bruger i R Markdown-filen.

Vi importerer 'datasæt'-biblioteket fra R inden for kildekodeområdet. De indbyggede datasæt kan hentes ved hjælp af dette bibliotek. Så datasættet med navnet 'AirPassengers' hentes ved hjælp af 'data'-funktionen og opsummeres ved hjælp af 'summary'-funktionen.







I sidste ende anvendes plot()-funktionen på dette datasæt for at få en graf/plotvisning af det bestemte datasæt. Efter at have kørt denne kode får vi oversigten over dette datasæt, som vises på konsollen.



bibliotek ( datasæt )

data ( 'AirPassengers' )

Resumé ( AirPassengers )

grund ( AirPassengers )



I højre rude af RStudio kan du også se plottet for AirPassengers-datasættet vises. Nu bruger vi denne kode i vores R Markdown-dokument.





Kom godt i gang med R MarkDown i RStudio

For at starte en R Markdown-fil skal du bruge menuen 'Filer' fra vinduet øverst til venstre i RStudio. Tryk på den og udvid den tilgængelige 'Ny fil'. Inden for indstillingen 'Ny fil' kan du finde indstillingen 'R Markdown' på listen. Tryk på den for at oprette en.



Et nyt 'New R Markdown'-vindue vises på din RStudio-skærm. Da vi vil oprette et R Markdown-dokument, skal vi vælge 'Dokument' fra venstre rude. Nu kan du navngive dit dokument ved hjælp af 'Titel'-feltet; vi kaldte det 'Test'.

Du kan også angive dit navn som forfatter til dette dokument, dvs. 'John'. I det sidste felt skal du angive datoen, da du oprettede R Markdown-dokumentet. Du kan også bruge afkrydsningsfeltet til at gengive datoen for et dokument, hver gang du opdaterer det.

Nu skal du vælge din fils standardoutputformat, dvs. html, pdf eller Word. I vores tilfælde vælger vi 'HTML' som standard outputformat for filen. Tryk på knappen 'OK' for at fortsætte med at oprette en prøve R Markdown-fil. Du kan også bruge knappen 'Opret tomt dokument' til at oprette en tom Markdown-fil.

Skift til visuel tilstand for redigering

Eksempel R Markdown-filen åbnes i RStudio-kildeområdet. Nu kan du redigere denne eksempel Markdown-fil i overensstemmelse med dine behov. Denne Markdown-eksempelfil er opdelt i tre dele. Den del, der starter og slutter med '—' kaldes 'Header' af Markdown-filen. Det inkluderer de oplysninger, du har angivet, mens du begyndte at oprette en prøvemarkeringsfil, dvs. titel, forfatter, dato og outputformat.

'## R Markdown'-delen, inklusive tekstlinjerne, er denne markdown-fils 'tekst'-blok. Du kan også opdatere den og placere din tekst på den. '## R Markdown' er en overskrift, der også kan opdateres. Den næste del, der starter med tre '`'-symboler, angiver 'Code Chunk'-delen, der er specifik for tilføjelse af kodestykkerne. Kodningsdelen kan også ledsages af 'plots'-delen, der er specifik til at generere grafer gennem koder.

Vi skifter til 'Visuel' tilstand af R Markdown-filen ved at bruge knappen 'Visuel' fra proceslinjen i det åbnede RStudio-vindue. Det nyåbnede vindue giver dig nogle instruktioner om, hvordan du flytter i den visuelle tilstand. Tryk på knappen 'Brug visuel tilstand' for at åbne den visuelle tilstand.

Rediger prøvefilen

Nu er redigeringstilstanden 'Visuel' for R Markdown-eksempelfilen lanceret. Du kan formatere, indsætte og redigere hele filen ved hjælp af de medfølgende menuer på proceslinjen. For eksempel opdaterede vi ikke Header-delen, men vi erstattede Header-titlerne for blokkene 'Text' og 'Plots'. Erstat eksempelteksten med en ny tekst og angiv en ny kode i kodeområdet. Vi opdaterede også denne fils 'Plot'-blok sidelæns.

Gem filen

Brug nu knappen 'Strik', der findes på proceslinjen i RStudio, til at generere et dokument.

Nu vil RStudio bede dig om placeringen og navnet på en ny Markdown-fil, som du vil gemme. Typen af ​​R Markdown-filen er '.Rmd' som standard. Vi kalder det 'test' i henhold til følgende billede og gemmer det på 'D'-drevet via knappen 'Gem':

Efter at have gemt din nyligt genererede R Markdown-fil, kan RStudio blive involveret i en lille behandling for at vise dokumentet. Før det kan den bede dig om at starte en ny session ved at dukke op i følgende vindue. Tryk på 'Start ny session' for at fortsætte:

Gennemgå Markdown-dokumentet

Efter et stykke tid starter RStudio sin nye session sammen med åbningen af ​​det nyoprettede R Markdown-dokument i et separat vindue via RStudio. Filen indeholder sin 'Header'-blok med titlen på en fil som 'Test' efterfulgt af forfatterens navn og oprettelsesdatoen. Koden og plotblokken viser det 100 procent samme output, som vises i 'Test'-kodeoutputtet.

Konklusion

Denne vejledning giver den bedste demonstration af brugen af ​​R-sproget til at oprette et dokument via R Markdown. Startende med opsætningen af ​​dokumentet forklarede vi, hvordan man redigerer, gemmer og åbner den nyligt genererede R Markdown-fil og ser på dens overskriftsblok, tekstblok, kodeblok og plotblok.